CFD軟件使用者能控制的部分并不多，主要有以下一些方面。

　　1. 幾何模型

　　有時候為了網格劃分方便或計算資源考慮，簡化了真實模型細節。例如一些微小特征、將三維模型簡化為二維計算、周期模型等等。需要注意的是，在進行簡化之前，對模型簡化所可能造成的后果有明確的認識。究竟能不能簡化、簡化會不會造成精度的嚴重損失，這些都是需要考慮的。比如，計算一段直管中的流動問題，從幾何上來講，可以簡化為平面模型、可以簡化為軸對稱旋轉問題、可以簡化為軸對稱問題，但是對于不同的物理情況，能否簡化就很值得商榷。

　　模型中的細小特征簡化問題也是需要去思考的。將細小模型進行簡化是出于計算資源上的考慮，但若細小特征處于敏感位置，對計算結果的影響比較大時，能否將其簡化掉則也是必須考慮的問題。

　　2. 物理模型

　　再一次提到物理模型。現實世界是一個復雜的系統，我們在進行研究時，不可能考慮所有的影響因素，只能選取一些主要因素去進行考慮。很簡單的例子，NS方程是從三大守恒定律出發的，所做的假設比較少，但是很遺憾，對于復雜結構直接數值求解NS方程目前還不可能，于是為了工程需要，對NS方程離散過程進行了一系列的簡化，于是出現了各種湍流模式，出現了各種燃燒模型、多相流模型。

　　3. 模型參數

　　現在很多工程軟件都集成了物理模型，其中很多模型參數都是一些半經驗或經驗參數，并不一定會適應自己的模型。但是這些模型參數的獲取是一件非常困難的事情，通常都是通過實驗獲取。